Cartographie des maladies non transmissibles en Afrique
La cartographie efficace des maladies non transmissibles (MNT) en Afrique nécessite l'établissement d'une structure pyramidale à trois niveaux comprenant des laboratoires nationaux, régionaux et spécialisés, intégrés dans des réseaux fonctionnels avec des systèmes d'assurance qualité robustes et des registres de surveillance standardisés.
Infrastructure de surveillance en réseau
L'approche réseau est essentielle pour optimiser les ressources limitées disponibles en Afrique, particulièrement pour les instituts nationaux de santé publique qui manquent de capacités internes 1. Cette structure pyramidale comprend:
- Niveau national: Laboratoires de base assurant une surveillance génomique précise et opportune des pathogènes 1
- Niveau régional: Centres de référence soutenant les pays sans capacité de séquençage, tout en servant de laboratoires nationaux pour leur propre pays 1
- Niveau spécialisé: Laboratoires et centres de bio-informatique fournissant formation, assistance technique, assurance qualité, et recherche de méthodes plus abordables 1
Le Réseau Intégré Régional de Surveillance et de Laboratoire (RISLNET) des Centres Africains de Contrôle et de Prévention des Maladies (Africa CDC) offre une plateforme pour intégrer ces différents réseaux 1.
Systèmes de collecte et registres de données
Registres de maladies et bases de données
L'établissement de systèmes de surveillance et de bases de données, incluant des registres tumoraux, est crucial pour répondre adéquatement à l'émergence des MNT 1. Sans données réelles provenant de laboratoires individuels et de régions spécifiques, les programmes de prévention au niveau populationnel et la recherche scientifique nécessaire ne peuvent être accomplis 1.
Les registres de district pour les MNT représentent une option potentiellement réalisable et peu coûteuse, comme démontré en Afrique du Sud rurale où un registre a identifié 2455 patients avec des MNT majeures (hypertension, diabète, asthme, épilepsie) 2.
Techniques de liaison électronique des données
La liaison électronique des données provenant de multiples sources (hôpitaux principaux, cliniques périphériques, cartes de prescriptions répétées) permet de créer des registres complets 2. Les techniques de capture-recapture peuvent évaluer l'exhaustivité des données, bien que leur application nécessite des listes appropriées avec un chevauchement acceptable de patients 2.
Développement des capacités de laboratoire
Laboratoires multipathogènes centralisés
Une approche hybride-intégrée est préférable, où les processus en aval sont effectués dans des laboratoires spécifiques aux maladies, tandis que seules les étapes en amont (contrôles de qualité, séquençage, analyse) sont réalisées dans les installations centrales de séquençage et de bio-informatique 1.
Les unités de séquençage centralisées offrent des avantages majeurs 1:
- Maximisation de la capacité disponible pour l'infrastructure et les ressources humaines
- Réduction des coûts de maintenance de l'équipement
- Augmentation potentielle du multiplexage et réduction des coûts de séquençage
- Facilitation des achats groupés
- Renforcement de la surveillance des maladies négligées
- Standardisation des flux de travail entre différents pathogènes
Normes de qualité et évaluation externe
L'établissement de normes de qualité et la surveillance continue sont essentiels pour générer des données précises pour l'élaboration de politiques 1. Les organisations comme la Société Africaine de Médecine de Laboratoire (ASLM) et la Société Africaine de Bio-informatique et de Biologie Computationnelle (ASBCB) peuvent travailler conjointement avec d'autres parties prenantes pour établir des normes de tests et d'analyse de qualité 1.
Formation et développement des ressources humaines
Un large éventail d'experts est nécessaire 1:
- Biologistes moléculaires pour l'analyse en laboratoire humide
- Bio-informaticiens et épidémiologistes moléculaires pour l'analyse et l'interprétation des données
- Épidémiologistes de terrain
- Spécialistes des maladies pour l'interprétation des données générées
- Spécialistes de santé publique pour l'adoption des résultats dans les politiques
Les programmes de mentorat impliquant une formation pratique, particulièrement pour l'analyse en laboratoire humide, sont essentiels pour améliorer les compétences 1. À long terme, l'intégration de la formation en génomique des pathogènes dans les programmes existants pour biologistes moléculaires, scientifiques de santé publique et ingénieurs biomédicaux au niveau collégial ou universitaire est plus souhaitable 1.
Cadres politiques et réglementaires
Harmonisation légale continentale
Un cadre juridique harmonisé pour le continent, développé par une approche consultative identifiant et abordant les obstacles locaux, est nécessaire 1. Ce cadre devrait utiliser de préférence les cadres internationaux existants, tels que celui développé par la réunion du Plan de Recherche et Développement de l'OMS sur les données de séquences génétiques des pathogènes et le Protocole de Nagoya 1.
Mécanismes de partage des données
Bien que les avantages du partage rapide des données, particulièrement pour le contrôle efficace des maladies transfrontalières et la prévention des pandémies, soient reconnus depuis longtemps, des lacunes existent dans ce domaine en Afrique 1. Les mécanismes réglementaires doivent faciliter les bonnes pratiques dans la collecte, le stockage et l'utilisation des spécimens, le transfert de spécimens entre pays, l'archivage génomique et le partage des bio-dépôts 1.
Évaluation et surveillance spécifiques aux MNT
Programmes de sensibilisation et dépistage
Plus de la moitié des pays africains n'ont pas atteint les objectifs fixés pour 2015, et des progrès lents ont été réalisés vers les objectifs de 2016 3. Certains gains ont été réalisés dans la mise en œuvre de programmes nationaux de sensibilisation du public sur l'alimentation et/ou l'activité physique, mais des progrès limités ont été faits sur les directives de gestion des MNT et la pharmacothérapie et le conseil 3.
Pièges courants à éviter
- Capacité concentrée: 70% de la capacité de séquençage se trouve en dehors des instituts nationaux de santé publique, soulignant le besoin d'augmenter la capacité dans ces instituts et de créer des réseaux fonctionnels avec les institutions académiques 1
- Distribution géographique inégale: 71% des séquenceurs de nouvelle génération sont concentrés dans cinq pays (Afrique du Sud, Kenya, Nigeria, Maroc, Égypte) 1
- Faible taux de recrutement et de rétention: Les études de cohorte existantes montrent plusieurs limitations méthodologiques incluant de faibles taux de recrutement et de rétention, et un manque de collecte de données validées et standardisées 4
- Modèles intégrés trop lents: Les modèles intégrés peuvent être trop lents si la main-d'œuvre est petite, la charge de travail élevée, ou les machines tombent en panne 1
Mécanismes de réduction des coûts
Le coût par échantillon du séquençage de nouvelle génération est généralement élevé et prohibitif pour une utilisation routinière, mais peut être considérablement réduit par le multiplexage 1. D'autres approches incluent:
- Négociation des prix avec les fabricants pour rendre le séquençage plus abordable 1
- Achats groupés par des systèmes régionaux ou continentaux 1
- Réduction des disparités dans les coûts d'équipement, de maintenance et de réactifs, qui sont substantiellement plus élevés en Afrique en partie à cause des marges bénéficiaires fixées par les entreprises et distributeurs locaux, en plus des frais d'expédition et de douane 1