Do antidepressants influence the microbiome?

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Last updated: August 31, 2025View editorial policy

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Influence des antidépresseurs sur le microbiote intestinal

Les antidépresseurs, particulièrement les inhibiteurs sélectifs de la recapture de la sérotonine (ISRS), modifient significativement la composition du microbiote intestinal, augmentant notamment l'abondance de bactéries bénéfiques comme Blautia, Bifidobacterium et Coprococcus, ce qui pourrait contribuer à leur efficacité thérapeutique dans le traitement des troubles dépressifs. 1

Mécanismes et modifications microbiennes

Les antidépresseurs exercent une influence notable sur le microbiote intestinal par différents mécanismes:

  • Altération de la diversité microbienne: Les antidépresseurs réduisent la richesse bactérienne et augmentent la diversité bêta du microbiote intestinal 2

  • Modifications taxonomiques spécifiques:

    • Diminution de l'abondance des genres Ruminococcus, Adlercreutzia et certaines Alphaproteobactéries 2
    • Augmentation des Bacteroidetes et réduction des Firmicutes, entraînant une diminution du ratio Firmicutes/Bacteroidetes 3
    • Augmentation de l'abondance relative de Parabacteroides, Butyricimonas et Alistipes 3
  • Différences entre classes d'antidépresseurs:

    • La fluoxétine (ISRS) modifie plus fortement les niveaux de Firmicutes et Bacteroidetes que l'amitriptyline (tricyclique) 3
    • Au niveau familial, les deux types d'antidépresseurs augmentent l'abondance des Porphyromonadaceae, mais seule l'amitriptyline augmente significativement les Bacteroidaceae 3

Impact sur l'efficacité thérapeutique

L'interaction entre les antidépresseurs et le microbiote semble jouer un rôle dans leur efficacité thérapeutique:

  • Une étude récente de 2023 a démontré que l'abondance relative plus élevée de Blautia, Bifidobacterium et Coprococcus était associée à une meilleure efficacité des ISRS chez les patients atteints de trouble dépressif majeur 4

  • La supplémentation en Ruminococcus flavefaciens peut diminuer les effets antidépresseurs de la duloxétine, suggérant que certaines modifications du microbiote sont nécessaires à l'efficacité thérapeutique 2

  • Une étude longitudinale de 2024 a montré que l'augmentation de Blautia et la diminution de Bacteroides étaient associées à des scores plus faibles au questionnaire PHQ-9 (évaluant la dépression), indiquant une amélioration des symptômes dépressifs 5

Impact métabolique et fonctionnel

Les antidépresseurs ne modifient pas seulement la composition du microbiote, mais également ses fonctions métaboliques:

  • Modulation des voies métaboliques impliquées dans le métabolisme des glucides, le transport membranaire et la transduction du signal 3

  • Influence sur le résistome antibiotique, affectant la résistance aux aminoglycosides, aux médicaments multiples et aux tétracyclines 3

  • R. flavefaciens, dont l'abondance est réduite par les antidépresseurs, induit des changements dans l'expression génique corticale, régulant à la hausse les gènes impliqués dans la phosphorylation oxydative mitochondriale et à la baisse ceux impliqués dans la plasticité neuronale 2

Implications cliniques et thérapeutiques

L'Association Américaine de Gastroentérologie suggère que la compréhension de l'interaction entre antidépresseurs et microbiote ouvre de nouvelles perspectives thérapeutiques:

  • Utilisation de psychobiotiques en complément des traitements antidépresseurs conventionnels 1

  • Approches diététiques comme le régime méditerranéen, riche en prébiotiques et aliments fermentés 1

  • Traitements combinés ciblant à la fois la dépression et le microbiote 1

Points d'attention et limites actuelles

  • La variabilité interindividuelle reste importante - l'individu demeure le principal facteur déterminant de la composition du microbiote 5

  • La plupart des études présentent au moins un niveau modéré de biais méthodologique 6

  • Des recherches supplémentaires sont nécessaires pour comprendre pleinement les différences entre les classes de médicaments et les mécanismes sous-jacents 5

  • L'axe microbiote-intestin-cerveau représente un système de communication neurohormonal bidirectionnel, dont la dysrégulation est impliquée dans la pathophysiologie de la dépression et du syndrome du côlon irritable 1

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